Kierowane do osób z podstawową wiedzą na temat programowania.
“Metody analizy danych z sekwencjonowania flory bakteryjnej oraz środowiskowego DNA z użyciem NGS.”
Budynek Pracowni Biobank Uniwersytetu Łódzkiego
przy ulicy Pomorskiej 139
przy ulicy Pomorskiej 139
Koszt udziału w warsztatach pokrywany jest przez organizatorów, wymagane jest jednak wniesienie bezzwrotnej opłaty rezerwacyjnej w wysokości 200 PLN. Opłatę należy wnieść w terminie 7 dni od otrzymania potwierdzenia wpisu na listę uczestników.
Warsztaty
18.04.2024
9:30-16:00 termin dodatkowy
Rejestracja zakończona
agenda
9:30-10:30 BLOK 1
od fastq do ASV i OTU - kontrola jakości sekwencjonowania, trymowanie sekwencji, podstawowa analiza danych z sekwencjonowania 16S rRNA z użyciem narzędzia QIIME 2
10:30-11:00
przerwa kawowa
11:00-13:00 BLOK 2
od OTU przez taksony aż po shotgun - omówienie ważności doboru parametrów przy estymacji OTU, oszacowanie liczby odczytów dopasowanych do poszczególnych taksonów z użyciem QIIME 2, metody doboru odpowiednich baz referencyjnych przy estymacji liczności poszczególnych taksonów, analiza danych z sekwencjonowania NGS z użyciem innych barkodów (np.: Vert16 czy COI), omówienie metod do analizy (i uzyskanych wyników) dla sekwencjonowania shotgun
13:00-13:00
lunch
14:00-16:00 BLOK 3
co dalej z danymi liczbowymi? - analiza alfa i beta diversity, indeksy podobieństwa i różnorodności, pokrycie przez próbę, efekty serii (batch effects) oraz metody ich estymacji i usuwania, eksploracyjna analiza danych (uczenie bez nadzoru i redukcja wymiaru), analiza z użyciem uogólnionych modeli liniowych, wykorzystanie metod selekcji cech i uczenia pod nadzorem