"Od obrazów do wyników – praktyczna analiza danych z transkryptomiki przestrzennej"

Podczas praktycznych warsztatów na podstawie przykładowego eksperymentu uczestnicy poznają proces analizy danych transkryptomiki przestrzennej Visium HD. Zaczniemy od obróbki surowych danych, a następnie ocenimy ich jakość i przejdziemy do szczegółowej eksploracji oraz mapowania typów komórek. Na koniec każdy uczestnik będzie miał okazję omówić własny plan dalszych analiz z ekspertami z 10x Genomics.

Uczestników warsztatów prosimy o zabranie ze sobą komputerów. Na kilka dni przed spotkaniem prześlemy email ze szczegółowymi informacjami jak przygotować się do warsztatów.

Serdecznie zapraszamy!

Uprzejmie informujemy, że ze względu na ograniczoną liczbę miejsc, udział w warsztatach zostanie potwierdzony w osobnym e-mailu po przesłaniu zgłoszenia

Warsztat nr 2: 10x Genomics

09.10.2025

9:00-16:00

agenda
09:00
Rejestracja i poranna kawa
09:30 – 12:00
Sesja poranna
  • Wprowadzenie
  • Przegląd analizy danych przestrzennych Visium HD
  • 10x Cloud Analysis: od plików FASTQ do ilościowych informacji biologicznych z użyciem Space Ranger dla Visium HD
  • Ocena jakości: interpretacja podsumowania w Space Ranger
12:00 – 13:00
Lunch
13:00 – 15:30
Sesja popołudniowa
  • Loupe Browser: eksploracja danych i mapowanie typów komórek
  • Wprowadzenie do zewnętrznych metod analizy danych Visium
  • Dalsze analizy z wykorzystaniem narzędzi zewnętrznych – na przykład GSEA
  • Podsumowanie i sesja Q&A z zespołem 10x Genomics