"Od danych do wyników – praktyczna analiza single-cell"

Podczas warsztatów uczestnicy poznają pełną ścieżkę analizy danych ekspresji genów na poziomie pojedynczych komórek. Zaczniemy od krótkiego wprowadzenia do projektowania eksperymentów, a następnie na podstawie przykładowych wyników przejdziemy przez etapy obróbki surowych danych, ocenę ich jakości oraz pierwsze kroki analizy wyników. Uczestnicy zobaczą, jak przełożyć dane biologiczne na praktyczne wnioski badawcze, a na zakończenie będą mieli okazję omówić własne pomysły i kierunki dalszych analiz z zespołem bioinformatyków.

Uczestników warsztatów prosimy o zabranie ze sobą komputerów. Na kilka dni przed spotkaniem prześlemy email ze szczegółowymi informacjami jak przygotować się do warsztatów.

Serdecznie zapraszamy!

Uprzejmie informujemy, że ze względu na ograniczoną liczbę miejsc, udział w warsztatach zostanie potwierdzony w osobnym e-mailu po przesłaniu zgłoszenia

Warsztat nr 1: 10x Genomics

07.10.2025

9:00-16:00

Rejestracja wkrótce
agenda
09:00
Rejestracja i poranna kawa
09:30 – 12:00
Sesja poranna
  • Wprowadzenie do warsztatów i sprawy organizacyjne
  • 10x Genomics Cloud Analysis: od plików FASTQ do ilościowych informacji biologicznych z użyciem Cell Ranger
  • Przerwa (15 minut)
  • Wprowadzenie do analizy danych Single Cell RNA-seq
  • Ocena jakości: interpretacja podsumowania w Cell Ranger
12:00 – 13:00
Lunch
13:00 – 15:30
Sesja popołudniowa
  • Analiza w Loupe: kontrola jakości i szybka eksploracja danych
  • Przerwa (15 minut)
  • Eksploracja zewnętrznych metod/algorytmów do analizy: RNA velocity
  • Podsumowanie i sesja Q&A z zespołem 10x Genomics